《真菌进化生物学》以进化生物学的基本原理为基础，重点阐述真菌进化与系统生物学，适当兼顾卵菌和黏菌，内容涵盖宏观的进化生物学概述、真菌物种的形成与多样性及分类系统，微观的真菌形态建成与代谢的进化、物种的遗传进化、种群的微进化、协同进化，以及真菌宏进化等，同时包括真菌分子进化的分析方法和进化生物学应用，较为系统地论述了真菌进化生物学的新观念和研究进展。
本书由来自十余家高校和科研院所的46位编委共同编写，为科学出版社“十三五”普通高等教育研究生规划教材、创新型现代农林院校研究生系列教材，手机扫书中二维码可查看彩图、文档等数字资源。
本书可作为微生物学、进化生物学、生态学、保护生物学、农学、植物保护、森林保护及环境保护等专业的研究生教材，也可作为相关专业科研工作者的参考用书。
作者简介
刘杏忠，南开大学教授，中国科学院微生物研究所兼职研究员，国家杰青、“中科院百人计划”。现任国际菌物学会执委、中国植物病理学会副理事长。曾任中国菌物学会理事长、亚洲菌物学会主席、真菌学国家重点实验室主任、中国科协第八届委员会委员。中国菌物学会“戴芳澜杰出贡献奖”获得者；长期从事真菌进化生物学及微生物组稳态研究。获得国家科技进步二等奖等科技奖10余项。发表论文300余篇。
王成树，中国科学院上海植物生理生态研究所研究员。一直从事广义虫草真菌遗传、化学生物学及真菌-昆虫互作机理研究。于PNAS等期刊发表SCI论文130余篇。曾任中国菌物学会理事长，获国家杰出青年基金项目支持等。
杨恩策，北京大学基础医学院长聘副教授、研究员，主要从事功能性非编码RNA鉴别与应用及人类病原真菌功能基因组学研究。作为第一作者或通讯作者（含共同）在Genome Biology、PNAS、eLife等期刊发表论文10余篇。
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第一章 进化生物学概述 1
第二节 进化生物学的发展历程和主要理论 2
第三节 进化生物学的主要研究证据和研究方法 3
第四节 进化生物学的其他研究证据和研究方法 7
第五节 如何学习进化生物学 10
第二章 真菌物种的形成与多样性 13
第一节 真菌物种概念 13
第二节 物种的形成 16
第三节 物种形成隔离机制 20
第四节 真菌生物多样性 21
第三章 真菌分类系统与进化 30
第一节 真菌命名法规 30
第二节 真菌分类系统概述 36
第三节 极早期分化真菌分类系统与进化 39
第四节 壶菌分类系统与进化 42
第五节 接合菌分类系统与进化 45
第六节 担子菌分类系统与进化 51
第七节 子囊菌进化 63
第八节 类真菌菌物——茸鞭生物界菌物 68
第九节 类真菌菌物——原生生物界菌物 71
第四章 真菌形态建成与代谢的进化 81
第一节 单细胞向多细胞真菌的演化 81
第二节 菌丝体进化 85
第三节 真菌多态性 95
第四节 真菌的次级代谢进化与调控 104
第五章 真菌物种的遗传进化 116
第一节 自然选择 116
第二节 真菌的生殖及进化 121
第三节 真菌发育进化 133
第四节 真菌表观遗传调控与进化 141
第五节 真菌基因组的进化 151
第六节 真菌线粒体基因组进化 158
第六章 真菌种群的微进化 175
第一节 微进化 175
第二节 种群的遗传多态性 176
第三节 随机遗传进化 178
第四节 适应性进化 180
第五节 定向进化 184
第七章 真菌的协同进化 187
第一节 种间关系 187
第二节 协同进化 189
第三节 共生协同进化 196
第四节 寄生协同进化 207
第五节 捕食与竞争协同进化 215
第八章 真菌宏进化 220
第一节 宏进化的概念 220
第二节 进化速率与宏进化式样 221
第三节 宏进化趋势 227
第四节 宏进化的表现 229
第五节 灭绝 233
第六节 宏进化的实验研究 236
第九章 真菌分子进化的分析方法 240
第一节 系统发生树的基本概念 240
第二节 系统发生树的推断方法 241
第三节 系统发生树的统计检验 250
第四节 分歧时间估计及其理论基础 250
第五节 物种树和基因树 252
第六节 全基因组水平的系统发生树构建 253
第十章 真菌进化生物学应用 256
第一节 真菌次级代谢产物多样性与应用 256
第二节 驯化与育种 271
第三节 基因工程 278
第四节 合成生物学元件挖掘和底盘构建 283
第五节 从菌种选育到细胞工厂 290
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