近年来，慈善税收优惠政策呈现渐进式的发展轨迹，迄今为止，相关制度已初具体系。尤其慈善法颁布实施以来，除了重申税法的原则性规定之外，财税部门也逐渐将有关规定予以细化和落实。点滴进步都令人欣喜。
然而毋庸讳言的是，配套规定的制定、法律政策的实施、操作规则的细化等方面尚存缺憾。在国家税法已经明确“符合条件的非营利组织的收入是免税收入”和公益捐赠税前抵扣制度的情形下，如何贯彻和落实这些规则，使慈善组织得以现实地享受这些权利，并因此实现鼓励慈善事业健康发展的立法宗旨和目标，同时建构起科学合理的监管体系，避免非营利组织免税政策成为不当避税的管道，已然迫在眉睫。鉴于此，特提出以下建议：
一者，在坚持税法统一原则的基础上，结合企业所得税法、个人所得法和相关税法的修订契机，充分考量非营利组织和慈善组织的特殊性，将非营利组织税收减免和公益捐赠税前抵扣制度的具体规定在相关税法中逐一予以明确。我国目前正在加紧修订各种税法，若能在修订过程中充分听取各方意见，将非营利组织(慈善组织)视为一类特殊的纳税主体，根据其性质确立特殊规则，把原则性和灵活性相结合，则税收公平可期。
二者，厘清非营利组织免税与公益捐赠税前抵扣制度之间的逻辑关系。鼓励慈善事业的税收减免政策有两个层次：第一个层次是非营利组织的免税；第二个层次则是公益捐赠税前抵扣。两者之间应是种属关系，即获得公益捐赠税前抵扣资格的慈善组织首先应该是经过免税资格认定的非营利组织。这是因为后者的组织宗旨符合非营利性即可，而前者则需要经过公益性认定。但是目前营利组织的公益捐赠税前抵扣资格与所得税免税资格认定分离进行，两者之间的逻辑关系不明，亟待重新梳理。
三者，在平衡考量维护市场公平竞争秩序和促进非营利组织持续发展的前提下，尽快研究和出台非营利组织从事营利性活动获得收入的减免政策。根据《企业所得税法》第二十六条第(四)项规定，有关部门有责任尽快制定规章或者配套性规范性文件，以具体落实税法的上述规定。此后财税部门陆续出台规定，对非营利组织免税资格认定管理和企业所得税免税收入范围作了规范。但是时至今日，一直未根据企业所得税法及其实施条例，对其中所规定的“符合条件的非营利组织的”从事营利性活动的收入出台明确规定，致使慈善组织按照慈善法规定合法、安全、有效对于资产进行增值保值所获得的收入部分也成为企业所有税的纳税范围，非常不利于慈善组织的可持续发展。
四者，重新审视非营利组织免税资格的认定标准，尤其是饱受诟病的非营利组织从业人员的薪酬待遇的上限规定，应该予以优化。
财税(〔2014〕13号)规定了符合条件的非营利组织的“工作人员工资福利开支控制在合理的比例内，不变相分配该组织的财产，其中：工作人员平均工资薪金水平不得超过上年度税务登记所在地人均工资水平的两倍，工作人员福利按照国家有关规定执行。”
“两倍工资限制条款”的良苦用心在于防止非营利组织的人员变相分配组织财产，因而违反“禁止利益分配原则”。但是非营利组织发展至今，人才瓶颈无法突破，此条款也有一份“功劳”。况且慈善法实施之后，相关制度陆续出台，对于慈善组织的管理费用已经有了限制性规定，足以确保慈善组织恪守节约与经济原则。从吸引人才和促进慈善事业计，“两倍工资限制”可以休矣。
五者，公益捐赠税前抵扣制度旨在鼓励民众踊跃捐赠，为慈善事业开拓资源。慈善法实施之后，财税部门逐渐出台利好消息，但是尚需继续努力：进一步完善捐赠人享受税收优惠的公益性捐赠的范围，结合个人所得税法的修订，完善个人公益捐赠税前抵扣制度。例如适度提高个人公益性捐赠扣除比例，允许公益性捐赠结转扣除(包括企业和个人)等。对于非货币财产捐赠，在当下企业公益股权捐赠已经出台规定的基础之上，再接再厉，逐步完善包括不动产、有价证券等在内的所有非货币捐赠税前抵扣的相关制度，不再简单套用“赠与视同销售”之规定，完善非货币捐赠价值评估体系，并同时加强对于慈善组织开具捐赠发票的监管。
另外，建议实行非营利组织普遍的税务登记和免税审查制度；建立健全非营利组织的信息公开制度，建立对于非营利组织的全方位监管体系，严格问责制度;完善与税法相协调的非营利组织会计准则。同时保障捐赠者自愿捐赠，并保障其得以充分行使知情权与监督权，促进民众参与和公民意识培育。非营利组织也应珍视和善用免税资格，完善治理结构和自律机制，欢迎大众媒体和社会公众的监督，以透明度和善治证明其获得免税资格的正当性。
慈善组织因税收减免而获得的利益，因其受“禁止利益分配原则”之限制，最终将让社会公众受益。一言以蔽之，通过非营利组织税收减免制度和公益捐赠税前抵扣制度的完善，让那些真正值得公共资源支持的非营利组织(慈善组织)获得税收上的利益，并有合理的机制来确保这些利益将通过他们最终惠泽到社会大众。这不仅是慈善事业发展之需要，也是税收公平所追求的目标。（作者系北京大学法学院非营利组织法研究中心主任）