牡丹江医科大学拥有一级学科硕士授权点3个，硕士专业学位授权点5个，硕士授权二级学科35个，涵盖医学、理学、工学3个学科门类。基层实用型临床医学和高寒地区慢性病防治为黑龙江省“双一流”优势特色学科建设项目。基础医学、生物学、内科学、影像医学与核医学4个学科为省级重点学科，外科学和药学为省级重点培育学科。2023年，临床医学学科首次进入ESI全球排名前1%，内涵建设取得新突破。
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