起初，人类穴居野外。巢湖流域森林密布，人民常受野兽侵害；地处亚热带季风区，夏季暴雨不断，经常淹没人民栖身之所。为了生存，在与自然界的抗争中，到距今约5600年前后，有巢氏教民构木为巢，以避野兽。从此，人民由穴居变为巢居。《庄子·盗跖》："古者禽兽多而人民少，于是民皆巢居以避之。昼拾橡栗、暮栖木上，故命之曰有巢氏之民。"韩非子《五蠹（dù，义：虫）》："上古之世，人民少而禽兽众，人民不胜禽兽虫蛇。有圣人作，构木为巢以避群害，而民悦之，使王天下，号曰有巢氏"。
由此看来，首先，有巢氏是人类原始巢居发明人的称号。因为他是巢居文明的开拓者，所以"有巢氏"成为战国时期思想家用来标识历史文化演进阶段和指示时代的名词，标识人类巢居时期。而燧人氏代表熟食时期，伏羲氏代表畜牧时期，神农氏代表耕稼时期。鲁迅在《自文字至文章》中考证说："继以有巢、燧人、伏羲、神农者，明人群进化之程……降及轩辕……逮（daì，义：到）于虞夏（舜禹）……。"《先秦史》："吾国开化之迹，可征者始于巢、燧、羲、农。"历史学家吕振羽在《中国历史讲稿》中认为，到了有巢氏，我们的祖先才和动物区别开来，也就是说他们开始生产自己所必须的生活资料。
有巢氏的影响，极其深远。《孟子·滕文公》记："当尧之时，水逆行，泛蓝于中国，蛇龙居之，民无定所，下者为巢，上者营窟。"也就是说，千年以后的中原，住在地势低处的人民，遇到洪水泛滥时，仍然要取法有巢氏构木为巢。
有巢氏是中华文明的开拓者，史尊之为"巢皇"。 747年（天宝6年），唐明皇李隆基为纪念有巢氏，将巢城西南道士山（位于今巢湖市坝镇）敕改为"巢山"。天宝7年，唐明皇又诏谕天下，将有巢氏正式列入国祭名册，尊之为"百帝之首"。当代，北京平谷《百帝宫》中，有巢氏奉列首位；中华世纪坛《中华千秋颂》壁画，将有巢氏列为开卷第一人，视为"中华人文元祖"。
其次，有巢氏是巢湖人的始祖。宋朝史学家郑樵（qiáo）在《通志·三皇纪》中说："厥初（最初），先民穴居野处，圣人教之结巢，以避虫豸(shǐ，义：野猪)之害，而食草木之实，故号有巢氏，亦曰大巢氏。"他还在《通志·氏族略》记载："巢氏，有巢氏之后"，"子孙以国为氏"。因此，"有巢氏"这个名号，不仅是所在的氏族部落或部落联盟的称号，也是氏族部落酋长或部落联盟首领的通称，还是有巢氏氏族方国的国名。
