以色列在13日对伊朗发动空袭的同一天，以色列情报机构摩萨德也在伊朗境内实施了一系列秘密行动。据媒体报道，摩萨德当天凌晨在伊朗多地展开行动，主要目标是削弱伊朗的战略导弹能力和首都德黑兰的防空系统。另有报道称，这些秘密行动由摩萨德在伊朗内部精心策划并执行，重点针对伊朗的导弹设施和防空能力。