FortiAuthenticator可作为Windows代理，这是一种用于Windows操作系统的多因素认证方法。这一功能允许用户通过FortiAuthenticator验证的Fortitoken、一次性密码、电子邮件令牌或短信令牌来登录Windows系统。在修改后的登录过程中，用户需要输入用户名和一次性密码进行验证，其中用户名和密码由Active Directory正常验证，而一次性密码由FortiAuthenticator先行验证，从而防止了暴力破解密码的可能性。FortiAuthenticator还支持长达200天的离线令牌缓存。
此外，还有一项紧急令牌功能，可用于用户丢失令牌或令牌无法恢复、重新发放令牌的情况。管理员可以为用户提供紧急令牌代码登录操作系统。FortiAuthenticator 5.0版本中的新功能是，用户现在可以仅使用令牌或令牌加PIN码登录，消除了对密码的需要。PIN码在使用FortiAuthenticator代理的每台计算机之间可以是独特的，其设置在特定机器上是唯一的。使用PIN码虽非必须，但更安全，因此推荐使用。
这个功能对于需要增强Windows登录安全性的用户来说非常有用，尤其适用于那些寻求更高级别身份验证方法并希望减少对传统密码依赖的环境。通过引入多因素认证和PIN码，FortiAuthenticator代理为Windows用户提供了一个更安全、更便利的登录选项。
