前言
学走路时的艰难, 在你会走路后就忘记或者故意忽略了, 这就是代沟的起源.
正所谓白天不知夜的黑, 有时候简单的概念在初学者眼里也是抽象不断, 难解其义.
本着帮助同学的态度(自我吹捧的态度), 将会的知识重新整理一下, 名曰学习笔记.
其实只有我知道, 不刷刷存在感, 生活真的没有趣味.
如项羽所言: ‘富贵不归故乡，如衣锦夜行，谁知之者! ’
是为序.
agricolae包介绍
这是一个专门针对农业领域的统计分析开发的R包
agricolae: Statistical Procedures for Agricultural Research
这是秘鲁利马国立工程大学理学硕士学位论文的结果, 不断更新和维护, 功能强大。
主要功能
试验设计, 包括随机区组, 完全随机, 多因素随机, 增广试验设计, 拉丁方, 格子方, alpha-lattice试验设计.
相应试验设计的统计分析
多重比较函数
混合线性分析, 得到BLUP育种值
通经分析, 聚类分析, AMMI模型分析基因与环境互作
等等
学习教材
agricolae的R包介绍
软件安装
在R语言路径下, 运行下面代码, 安装软件包.
install.packages("agricolae")帮助文档
library(agricolae)
help(package="agricolae")依赖的包
MASS: for the generalized inverse used in the function PBIB.test
nlme: for the methods REML and LM in PBIB.test
klaR: for the function triplot used in the function AMMI
Cluster: for the use of the function consensus
spdep: for the between genotypes spatial relation in biplot of the function AMMI
algDesign: for the balanced incomplete block designdesign.bib
简言之, MASS是广义求逆的函数
nlme是混合线性包
klaR 主要是做双标图AMMI和GGE
Cluster 聚类
spdep 主要是做双标图AMMI和GGE
algDesign 生成平衡不完全区组设计