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遗传评估分析之模板文章

遗传评估分析之模板文章 育种数据分析之放飞自我
2019-12-19
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导读:遗传评估之模板文章。

1. 参考文献

伊犁马体尺性状非遗传因素分析及遗传参数估计[J]. 畜牧兽医学报, 2017(10).

2. 试验数据描述

研究所用数据取自伊犁某2个规模化养马场及参加伊犁马常态化赛事参赛马匹。数据中的体尺指标包括体高(体长(胸围和管围)4个性状。

3. 固定因子划分

  • 性别
  • 年龄
  • 出生年度

4. 数据清洗标准

  • 提出错误数据
  • 删除3倍标准差数据

5. 统计分析

5.1 表型数据汇总统计

  • 数量
  • 平均值
  • 最大值
  • 最小值
  • 方差
  • 标准差
  • 变异系数

5.2 固定因子检验(方差分析)

使用SAS的GLM模型,对固定因子进行检验。


5.2 方差分析中的预测均值的多重比较

  • 固定因子1多重比较
  • 固定因子2多重比较
  • ......

5.3 方差组分评估

使用MTDFRE软件,进行遗传参数评估

5.4 计算遗传力,遗传相关,表型相关

遗传力公式:


遗传相关公式:


表型相关公式:


5.5 遗传相关和表型相关的显著性检验

  • LRT检验

6. 结果分析

6.1 汇总统计结果

6.2 方差分析结果(固定因子)

6.3 固定因子的多重比较

6.4 遗传力 遗传相关 表型相关

7. 可以增加的分析

  • 固定因子可以随着方差组分一起评估,没有必要单独用GLM进行分析
  • 文章只给出了表型相关的显著性检验,没有给出遗传相关的显著性检验
  • 遗传评估的目的是计算育种值,可以给定选择指数,计算综合育种值

8. 相关统计方法博文

线性混合模型系列一:基本定义

DMU遗传参数评估cookbook pdf

文献阅读:林木中遗传参数评估

Arsi-Bale羊生长性状遗传参数评估


【声明】内容源于网络
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育种数据分析之放飞自我
本公众号主要介绍动植物育种数据分析中的相关问题, 算法及程序代码.
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