大数跨境
0
0

如何使用命令行运行R语言的rmd rmarkdwon文件

如何使用命令行运行R语言的rmd rmarkdwon文件 育种数据分析之放飞自我
2019-07-01
0
导读:太长不看:运行下面命令:R -e "rmarkdown::render('script.Rmd',outpu


太长不看:


运行下面命令:

R -e "rmarkdown::render('script.Rmd',output_file='output.html')"


命令解析:

  • 首先使用R -e进行R语言命令行运行, 命令用双引号包括.

  • 使用rarkdown的render函数, 进行Rmd文件的运行和解析, 参数outputfile是输出文件名称和格式, 这里的格式为html, 可以选择pdf或者word格式.

  • 需要准备的文件是script.Rmd文件, 里面是rmarkdwon的格式文件.



例子

文件: script.Rmd

### 我是谁?> dengfei
### 来干嘛> 演示如何通过命令行调用rmarkdwon脚本,并生产html
### 来个例子
```{r} example(plot) ```

运行:

R version 3.5.1 (2018-07-02) -- "Feather Spray"Copyright (C) 2018 The R Foundation for Statistical ComputingPlatform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Default CRAN mirror snapshot taken on 2018-08-01.See: https://mran.microsoft.com/.
> rmarkdown::render('script.Rmd',output_file='output.html')
...processing file: script.Rmd |................................ | 50% ordinary text without R code......





结果中, 将Rmd文件中的markdwon语法进行了转化, 比如"###"变为了标题. ">"变为了引用, Rmarkdown还有一个优势, 其能够将执行R代码, 然后将结果保存为markdown的格式, 其它标准markdown不具备这种能力.


当然, jupyter也可以对python, R, Julia进行markdown的转化, 包括代码和图表结果, 掌握markdown是每个数据分析师应该具备的技能.


桥段1:

A同事要发一个说明文档给B同事. A最先发送的是pdf格式, 在发送中将文件取消, 不一会儿B同事收到了一个后缀为md的文件. 


md是markdown格式的后缀, 需要特定的软件转换后查看.


桥段2:

拉杰什(Rajesh)

拉杰什去参加舞会, 看到一个中意的妹子, 开始搭讪,  最终的结果是双方承诺去看一下彼此的论文...这说明, 如果没有论文是很难交流的...



【声明】内容源于网络
0
0
育种数据分析之放飞自我
本公众号主要介绍动植物育种数据分析中的相关问题, 算法及程序代码.
内容 912
粉丝 0
育种数据分析之放飞自我 本公众号主要介绍动植物育种数据分析中的相关问题, 算法及程序代码.
总阅读272
粉丝0
内容912