大家好，我是邓飞。

GWAS是比较有效的数据挖掘工具，在群体里面进行关联分析，找到候选基因，进而研究基因功能，或者在其它群里面进行验证。

常规的GWAS分析模型，比如二分类（0-1编码的性状）用logistic模型，连续性状用LMM模型。

用到的软件有：

二分类性状：plink，GCTA，asreml

连续性状：gcta，gemma，GAPIT，rMVP，asreml

相关的分析：admixture群体结构，LDblockshow绘制block，PopLDdecay绘制LD衰减图，Haploview绘制block，plink检测block，vcftools质控数据，plink质控数据，Beagle填充基因型，PRsice多基因评分等等。

为何要推荐Linux系统：

Linux系统，是绕不过去的，windows下可以使用TASSEL，或者R语言的GAPIT和rMVP，但是你要做填充，要做LD衰减，要做群体结构admixture，基因注释bedtools等，必须要Linux系统。Linux安装相关软件，就是妥妥的劝退，最方便的是建立虚拟机，然后将配置好的Linux系统放进去，一劳永逸。

进阶的分析有哪些呢？

• 比如考虑加性效应（kinship）的logistic分析，可以考虑亲缘关系矩阵

• 比如考虑多个随机因子的GWAS分析，比如窝别、永久环境效应、母体效应

• 比如考虑多地点GWAS分析，设置地点间残差异质

• 比如考虑显性矩阵、上位矩阵的GWAS分析

• 比如考虑多个性状的GWAS分析

• 比如考虑……
  
  

进阶分析的软件和方法，更需要Linux系统，所以Linux系统是必学的。

这里推荐的GWAS培训班，全程使用Linux系统，内容丰富，有理论，有实践，最重要的是有一年的技术支持，包学包会，适合零基础的学员，确保能入门，能学会，能使用。

培训使用虚拟机安装Linux系统，里面配置完整的软件，包括：R语言，Python，GAPIT，GCTA，GEMMA，admixture，LDblockshow，PopLDdecay，Haploview，Beagle，bedtools，vcftools，PRsice等软件包，还有网页版的Rstudio软件，应有尽有，一个虚拟机的Linux系统，解决常用生信分析环境。

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