GWAS软件包：GAPIT3它来啦

大家好，我是邓飞。

GAPIT是一款非常老的而且非常流行的软件包，傻瓜式操作，一键出图出结果，一篮子的解决方案，是我最经常使用的GWAS分析软件包。

最近，GAPIT现在的版本是GAPIT3，速度比第二版有较大的提升：

注意，GAPIT3这个包，如果以软件包的形式安装的话，需要R4.3以上的版本：

devtools::install_github("jiabowang/GAPIT3",force=TRUE)
library(GAPIT)

更大的变化，终于有GAPIT这个软件包了，可以用library载入进去，而且安装方式可以用github安装，更符合R-style。

1. GAPIT3官网地址

官网地址：https://zzlab.net/GAPIT/

github地址：https://github.com/jiabowang/GAPIT

2. windows安装

推荐安装方式：

devtools::install_github("jiabowang/GAPIT3",force=TRUE)
library(GAPIT)

安装完成：

发现了一个官方文档的bug：

这里应该是librfary(GAPIT)而不是library(GAPIT3)，否则会报错。

安装后的软件包：

3. Linux安装

安装代码不变：

devtools::install_github("jiabowang/GAPIT3",force=TRUE)
library(GAPIT)

安装成功后的截图：

安装后的系统查看：

4. 分析测试数据

在官网上面下载示例数据：

下载的数据：（数据获得见文末）

解压后的数据：

将路径设置为测试数据的文件夹，运行测试数据：

测试代码：

library(GAPIT)

#Tutorial 1: Basic Scenario of Compressed MLM by Zhang and et. al. (Nature Genetics, 2010) 
#----------------------------------------------------------------------------------------
#Step 1: Set data directory and import files
myY  <- read.table("mdp_traits.txt", head = TRUE)
myG <- read.delim("mdp_genotype_test.hmp.txt", head = FALSE)

#Step 2: Run GAPIT
myGAPIT <- GAPIT(
  Y=myY,
  G=myG,
  PCA.total=3
)

Windows系统测试GAPIT

分析结果：

Linux系统测试：

运行日志：

运行结果：

5. 安装和测试GAPIT3代码汇总

## 安装GAPIT代码
# install.packages("devtools") # 如果没有devtools，先运行本行代码安装
devtools::install_github("jiabowang/GAPIT3",force=TRUE)
library(GAPIT)

## 下载示例数据后，测试分析是否正常
library(GAPIT)

#Tutorial 1: Basic Scenario of Compressed MLM by Zhang and et. al. (Nature Genetics, 2010) 
#----------------------------------------------------------------------------------------
#Step 1: Set data directory and import files
myY  <- read.table("mdp_traits.txt", head = TRUE)
myG <- read.delim("mdp_genotype_test.hmp.txt", head = FALSE)

#Step 2: Run GAPIT
myGAPIT <- GAPIT(
  Y=myY,
  G=myG,
  PCA.total=3
)

6. 示例数据百度网盘下载

官网的示例数据，貌似不太方便下载，这里将示例数据和运行代码放到公众号后台，回复：gapit，获得下载链接。