飞哥推荐:
大家好,我是邓飞,基因组选择最开始在动物中应用,现在林木、水产和植物都在广泛应用。提升育种效率、加快遗传进展、缩短育种周期,这些优点使得GS成为了育种4.0必备的技能。
ASReml软件是我一直使用的GS软件,这个工具运行速度快,贴近数量遗传学理论,扩展性好,比如想进行GWAS分析,没问题。想做rrBLUP分析,没问题。想进行GBLUP估计,没问题。想进行ssGBLUP估计,没问题。想做类似BayesB的快速分析,没问题。想进行MAS+GS的分析,没问题。想进行MAS+BLUP的分析,没问题。
其它高级的分析包括:空间分析(林木、植物表型数据矫正)、测定日模型和随机回归模型(奶牛数据分析)、基因与环境互作(植物林木+气象数据),以及阈值性状的基因组选择分析,包括阈值性状和连续性状的多性状基因组选择分析等等。
我的感受:入门rrBLUP和GBLUP是简单的,但是想要走得更远,数量遗传学和传统遗传评估是少不了的,这个课都要补过来,而asreml作为入门软件,从传统遗传评估到基因组选择的路径,值的推荐。
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