中世纪时欧洲的王权非常脆弱，地方的治安完全由大大小小的贵族和骑士们把持。他们既没有精力，也没有能力，更没有动力进行科学研究或者发展技术，这些人甚至自己就是的文盲。于是，中世纪研究科学的使命只能交给教士，因为只有他们不仅有时间，而且能够看到仅存的数量不多的书。当然，教士研究科学的目的并不是为了破除迷信，反而是试图搞清楚上帝创造世界的奥秘，维护神的荣耀即便如此，这些人也时常被正统而保守的宗教人士视为异端。不过，人类对未知的好奇并未因为其他人的愚昧而消失，总是有人希望了解从物质世界到精神世界的各种奥秘，并且喜欢聚在一起研究学问。某种意义上，大学就这样产生了。
一、学术特权
大学(university)一词，起源于拉丁语universities，意思是一种包括老师和学生在内的团体。而早期的老师都是教士，学生则是想成为教士的年轻人，或者家里有些财产且自身充满好奇心的年轻人。这些人并没有中国古代学子那种学而优则仕的想法，因为学术不能帮助他们走上仕途。为了让办学不受愚昧的封建主和地方宗教人士的干扰，大学需要得到神权或者王权的支持，最好的办法就是从教会或者国王那里获得一张特许状，让大学的管理独立于所在地的地方政权。
1158年(也有人认为是1155年)。神圣罗马帝国的皇帝腓特烈一世(1122-1190)签署了被称为“学术特权”的法律文件。这个法律文件后来也被教皇亚历山大三世(1100-1181)认可。在这个文件中，大学被赋予4项特权：
1.大学人员有类似于神职人员才有的自由和豁免权。
2.大学人员有为了学习的目的自由旅行和迁徙的权利。
3.大学人员有免于因学术观点和政见不同而受报复的权利。
4.大学人员有权要求由学校和教会而不是地方法庭进行裁决。
其中的第一项权利将当时的学者和大学生的社会地位一下子提高到了神职人员的水平。要知道在欧洲资产阶级革命之前，神职人员是社会的第一阶层，贵族才是第二阶层。其他人，包括富有的商人，都是第三阶层。
第二项权利是今天很多国家学生签证的历史由来。
第三项非常重要，用中国的俗话讲就是“言者无罪”，这一条也是今天学术自由的重要保障，没有这一条，大学就无法做研究。
第四项使得大学可以独立于地方行政管理（当时是贵族管辖），今天这一条的意义在中国不是很大，但是在抗战时期，燕京大学校长司徒雷登利用这一条保护了很多教授和学生，包括很多抗日人士。在越南战争时期，美国的一些大学就是利用这一条内容，拒绝执行美国政府的一些命令。如今，当一所大学想努力成为世界一流大学时，是否有充分的管理自由和学术自由至关重要。
二、博洛尼亚大学
意大利的博洛尼亚大学（University of Bologna）是世界上最早的现代意义下的大学，因为它在1158年成为第一所接受学术特权法令的大学。其实它成立的时间更早一些，是1088年。在这所大学的校徽上，自豪地写着A. D. 1088。1988年，在其建校900周年之际，该校发起了一项宣言，倡导学术独立和自由，至今已经有80多个国家的近千所大学签署了这项宣言。
继博洛尼亚大学之后，中欧和西欧相继出现了很多类似的大学。它们的规模都不大，一般只有几名教授和几十名学生，这有点像中国古代的书院。不过和中国的书院不同的是，这些大学传授的大多是神学知识、拉丁文写作技巧，以便学生今后传教布道，以及为贵族服务。中世纪的大学也教授少量的自然科学知识，并且做一些研究。发给大学特权法令的教会肯定没有想到，允许大学自由地研究学问反而会产生出动摇基督教教义的新知识。
三、巴黎、牛津与剑桥大学
1170年，巴黎大学成立，它不仅是当时欧洲最著名的大学，后来还被誉为欧洲“大学之母”，因为享誉世界的牛津大学和剑桥大学都是山它派生出来的。
公元12世纪时，英国虽然有人办学，但并没有好的大学，因此学者和年轻的学子们要穿过英占利海峡到巴黎人学去读书。1167年英法关系开始恶化，巴黎开始驱赴英国人，巴黎大学也把很多英国学者和学生赶回了英国。当时的英国国王亨利二世针锋相对地下令禁止英国学生到巴黎求学，于是这些学者和学生都跑到了伦教郊外的一个小城牛津继续办学。牛津地区早就有学校，但还算不上真正意义上的大学，直到这批从巴黎大学返回的教授和学生到来，才建立起了真正意义上的牛津大学。
1209年，牛津的一名大学生和当地一名妇女通奸，导致大学生和当地居民发生冲突，部分学生和教授只好离开牛津跑到剑桥，创办了后来的剑桥大学。最终，在教会的调停下，牛津师生和当地居民的冲突得以平息，这所世界名校便在那里扎下了根。
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