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R语言的ggplot2+ggforce包绘制散点图并添加分组边界

R语言的ggplot2+ggforce包绘制散点图并添加分组边界 小明的数据分析笔记本
2021-02-08
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导读:ggplot2画散点图添加分组边界的几种办法

之前的推文介绍过ggplot2绘图添加椭圆分组边界和圆形分组边界,借助的函数分别是

  • stat_ellipse()
  • ggforce包里的geom_circle()函数

今天查找桑基图的资料的时候发现了一份介绍ggforce这个包的使用方法的文章 https://rviews.rstudio.com/2019/09/19/intro-to-ggforce/ ,发现发现添加分组边界还有其他的实现方法,今天的推文记录一下。

示例数据就直接使用R语言内置的鸢尾花数据集

首先是矩形的分组边界

使用的是 geom_mark_rect() 函数

df<-iris
colnames(df)<-paste0("V",1:5)
library(ggplot2)
library(ggforce)
ggplot(data=df,aes(x=V1,y=V2,color=V5))+
  geom_point()+
  geom_mark_rect(aes(fill=V5),alpha=0.1)+
  theme_bw()
image.png
添加圆形的分组边界

使用到的是geom_mark_circle()函数

df<-iris
colnames(df)<-paste0("V",1:5)
library(ggplot2)
library(ggforce)
ggplot(data=df,aes(x=V1,y=V2,color=V5))+
  geom_point()+
  geom_mark_circle(aes(fill=V5),alpha=0.1)+
  theme_bw()+
  coord_cartesian(clip = "off")+
  theme(plot.margin = margin(50,50,50,150),
        legend.background = element_blank())
image.png

这里又遇到了一个新的知识点 coord_cartesian(clip = "off") ,如果加上这一行命令,就能够让三个圆圈在最上层,不加的效果如下图,显示不全

参考链接是 https://guangchuangyu.github.io/2018/05/ggplot2-clip/

image.png
添加椭圆分组边界

用到的是geom_mark_ellipse()函数

df<-iris
colnames(df)<-paste0("V",1:5)
library(ggplot2)
library(ggforce)
ggplot(data=df,aes(x=V1,y=V2,color=V5))+
  geom_point()+
  geom_mark_ellipse(aes(fill=V5),alpha=0.1)+
  theme_bw()+
  coord_cartesian(clip = "off")+
  theme(plot.margin = margin(10,10,10,50),
        legend.background = element_blank())
image.png
最后是无规则形状的分组边界

用到的是geom_mark_hull()函数

df<-iris
colnames(df)<-paste0("V",1:5)
library(ggplot2)
library(ggforce)
#install.packages("concaveman")
library(concaveman)
ggplot(data=df,aes(x=V1,y=V2,color=V5))+
  geom_point()+
  geom_mark_hull(aes(fill=V5),alpha=0.1)+
  theme_bw()+
  coord_cartesian(clip = "off")+
  theme(plot.margin = margin(10,10,10,50),
        legend.background = element_blank())

这里会遇到一个警告信息Warning message: The concaveman package is required for geom_mark_hull需要安装并加载concaveman这个包 ··· install.packages("concaveman") library(concaveman) ···

image.png
还可以给每个组添加文字标签,加一个label参数就好了
df<-iris
colnames(df)<-paste0("V",1:5)
library(ggplot2)
library(ggforce)
#install.packages("concaveman")
library(concaveman)
ggplot(data=df,aes(x=V1,y=V2,color=V5))+
  geom_point()+
  geom_mark_ellipse(aes(fill=V5,label=V5),alpha=0.1)+
  theme_bw()+
  coord_cartesian(clip = "off")+
  theme(plot.margin = margin(10,10,10,50),
        legend.background = element_blank())
image.png

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分享R语言和python在生物信息领域做数据分析和数据可视化的简单小例子;偶尔会分享一些组学数据处理相关的内容
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