论文
Evolutionary origins of the SARS-CoV-2 sarbecovirus lineage responsible for the COVID-19 pandemic
本地文件 s41564-020-0771-4.pdf
代码和数据下载链接
https://github.com/plemey/SARSCoV2origins
今天的推文我们来重复一下论文中的 Figure5 a
加载R包
library(pheatmap)
library(tidyverse)
library(viridis)
读取数据
all_rscu <- read_csv('all_rscu_codonBiasReanalysis.csv')
选取数据集的2到26列
all_df <- as.data.frame(all_rscu[,2:26])
给数据集赋予行名
row.names(all_df) <- all_rscu$codon
画热图
pheatmap(all_df,
cluster_rows = F,
scale = 'none',
fontsize_row = 5,
fontsize_col = 10,
color = magma(50),
border_color = NA,
cutree_cols = 4
)
论文中提供的代码到这里就结束了,但这个结果和论文最终使用的图还是有很大的区别的。
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x轴的字体如果是拉丁名会调整为斜体，这个如何调整可以参考视频
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x轴还添加了表示分组的线段和文字，这个如何用代码实现暂时还搞不定了，想到办法再来介绍
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图例由左侧改到了底部，并且改成了水平，而且添加了文字标题。暂时不知道用代码来如何实现了
大家如果知道对应的解决办法欢迎留言！
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