Day 39 生信必备第三个利器Docker 系列 (四) Docker image 操作

小明的数据分析笔记本

2023-02-03

导读：1. 生信必备神器Docker回顾前面我们分三篇文章聊了Docker 是什么 Day 34 生信必备三个利器

1. 生信必备神器Docker回顾

前面我们分三篇文章聊了Docker 是什么 Day 34 生信必备三个利器之Docker 系列 (一)Docker是什么 # 100天生信/数据科学自我挑战#，

聊了如何使用 Docker发布的一个单细胞分析教程Day 35 生信必备第三个利器Docker 系列 (二) 在生信中的应用，

聊了Docker的安装、什么是image和container以及三种基本的运行模式Day 37 生信必备第三个利器Docker 系列 (三) 安装和运行，

想必小伙伴们对Docker是什么、有什么用、怎么用有了一个基本的了解。

今天我们聊聊Docker的几个基本操作

2. 生信必备神器image（镜像）操作

使用docker一段时间以后，我们本地会积累很多镜像，例如我们下载别人的单细胞分析流程，会有一个镜像。我们下载别人宏基因组分析也会有一个镜像， RNA seq等都会对应一个镜像。

这些镜像有的是一次使用，隔一段时间需要把它清理掉。

有的我们可能会重复用，有的我们还想自己在镜像的基础上稍加改动，增加一些个性化的分析。

这里就涉及到镜像的操作和管理，接下来我们分几个方面聊聊Docker 镜像操作和管理。

我们也可以运行docker image看到我们所有使用过image

[14:39:16][yanjun@yanjun: ~]$ docker images
REPOSITORY                               TAG                 IMAGE ID            CREATED             SIZE
kirstlab/asc_seurat                      latest              e18e717f64f9        4 months ago        3.34GB
quay.io/hemberg-group/scrna-seq-course   v3.13               bc4db723e371        2 years ago         7.39GB
hello-world                              latest              fce289e99eb9        2 years ago         1.84kB
ubuntu                                   15.10               9b9cb95443b5        5 years ago         137MB

各个选项说明:

REPOSITORY：表示镜像的仓库源
TAG：镜像的标签
IMAGE ID：镜像ID
CREATED：镜像创建时间
SIZE：镜像大小

2.1 镜像获取

如果想下载一个ubuntu V13版本，直接用docker pull就可以了。不管我们自己是什么操作系统（win MAC）一行代码ubuntu到手

[yanjun@yanjun: ~]$ docker pull ubuntu:13.10 
13.10: Pulling from library/ubuntu 6599cadaf950: 
Pull complete 23eda618d451: 
Pull complete f0be3084efe9: 
Pull complete 52de432f084b: 
Pull complete a3ed95caeb02: 
Pull complete Digest: sha256:15b79a6654811c8d992ebacdfbd5152fcf3d165e374e264076aa435214a947a3 
Status: Downloaded newer image for ubuntu:13.10

2.2 查找镜像

就像conda具备channel，git具备github一样，docker也有一个在线的hub，所有的image都是被放在这个hub里面的。

因此我么可以根据名称查找内容，比如列出所有名称带ubuntu的image。

[yanjun@yanjun: ~]$ docker search ubuntu
NAME                                                      DESCRIPTION                                     STARS               OFFICIAL            AUTOMATED
ubuntu                                                    Ubuntu is a Debian-based Linux operating sys…   12915               [OK]
dorowu/ubuntu-desktop-lxde-vnc                            Docker image to provide HTML5 VNC interface …   575                                     [OK]
websphere-liberty                                         WebSphere Liberty multi-architecture images …   280                 [OK]
rastasheep/ubuntu-sshd                                    Dockerized SSH service, built on top of offi…   255                                     [OK]
consol/ubuntu-xfce-vnc                                    Ubuntu container with "headless" VNC session…   242                                     [OK]
ubuntu-upstart                                            DEPRECATED, as is Upstart (find other proces…   113                 [OK]
neurodebian                                               NeuroDebian provides neuroscience research s…   85                  [OK]

找到目标以后我们可以用Docker pull 拖取镜像

[14:42:30][yanjun@yanjun: ~]$ docker pull ubuntu
Using default tag: latest
latest: Pulling from library/ubuntu
f3ef4ff62e0d: Pull complete
Digest: sha256:a0d9e826ab87bd665cfc640598a871b748b4b70a01a4f3d174d4fb02adad07a9
Status: Downloaded newer image for ubuntu:latest
docker.io/library/ubuntu:latest

不用的镜像我们可以用docker rmi 删除镜像

[14:46:46][yanjun@yanjun: ~]$ docker rmi -f hello-world
Untagged: hello-world:latest
Untagged: hello-world@sha256:9572f7cdcee8591948c2963463447a53466950b3fc15a247fcad1917ca215a2f
Deleted: sha256:fce289e99eb9bca977dae136fbe2a82b6b7d4c372474c9235adc1741675f587e

最后还有一个是创建镜像，因为涉及到一些深层次的docker运行逻辑，我们暂时先不跳过，今后会有一篇专门聊如何创建并且发布自己的docker image。

关于image的操作基本也就是这么多，今天就和大家聊到这里，明天我们聊聊contianer的操作。