有公众号读者问到下面的图怎么用R语言实现，今天的推文我们介绍一下如何用R语言的ggplot2实现下图
基本的形式就是抖动散点图再加上分组的拟合曲线，论文中具体用到的是什么数据我没有仔细看，这里我就用之前推文中的gwas数据来做演示
部分示例数据截图
每条染色体随机选了500个点，最后一列是给每个点一个分组
首先是抖动散点图
library(ggplot2)
dat<-read_delim("data/20230513/20230513.txt",
col_names = TRUE,
delim = "\t")
ggplot(data = dat,aes(x=CHR,y=P))+
geom_jitter(aes(color=group),
width = 0.2)
添加拟合曲线
ggplot()+
geom_jitter(data = dat,
aes(x=CHR,y=P,color=group),
width = 0.2)+
geom_smooth(data=dat,
aes(x=CHR,y=P,
group=group,
color=group,
fill=group,
lty=group),
method = "lm")+
theme_bw()+
theme(panel.grid = element_blank(),
legend.position = "top",
legend.background = element_rect(color="black"))+
scale_y_continuous(expand = expansion(mult = c(0,0)))
如果像论文中那样有很多个图需要组合到一起，就借助patchwork这个R包
ggplot()+
geom_jitter(data = dat,
aes(x=CHR,y=P,color=group),
width = 0.2)+
geom_smooth(data=dat,
aes(x=CHR,y=P,
group=group,
color=group,
fill=group,
lty=group),
method = "lm")+
theme_bw()+
theme(panel.grid = element_blank(),
legend.position = "top",
legend.background = element_rect(color="black"))+
scale_y_continuous(expand = expansion(mult = c(0,0))) -> p1
ggplot()+
geom_jitter(data = dat,
aes(x=CHR,y=P,color=group),
width = 0.2)+
geom_smooth(data=dat,
aes(x=CHR,y=P,
group=group,
color=group,
fill=group,
lty=group),
method = "lm")+
theme_bw()+
theme(panel.grid = element_blank(),
legend.position = "top",
legend.background = element_rect(color="black"))+
scale_y_continuous(expand = expansion(mult = c(0,0))) +
scale_fill_manual(values = c("#220050", "#b30059"))+
scale_color_manual(values = c("#220050", "#b30059")) -> p2
library(patchwork)
p1+p2
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