昨天用cactus 2.1.1版本把示例数据的流程跑通了，然后测试了一下真实数据，遇到了报错
Genome::getChild() - child out of range
https://github.com/ComparativeGenomicsToolkit/hal/issues/241
这个问题里他自己解决了，我的目前还不知道怎么办，这一步是hal2vg这个程序的问题
今天用跑示例数据，示例数据也遇到了这个报错，搞不懂是怎么回事，重新又安装了 cactus 2.2.3
https://github.com/ComparativeGenomicsToolkit/cactus/issues/808
把示例数据跑通了，不知道测试自己的真实数据是否会有问题，先记录一下示例数据的代码
先准备一个配置文件
第一列是一个代号，第二列是基因组的文件路径，空格分割
把软件的bin目录添加到环境变量
cactus-minigraph ./js01 seq.txt primates.gfa.gz --reference A
cactus-graphmap ./js02 seq.txt primates.gfa.gz primates.paf --reference A --outputFasta primates.gfa.fa.gz
cactus-align ./js03 seq.txt primates.paf primates.hal --pangenome --outVG --reference A
cactus-graphmap-join ./js04 --vg primates.vg --outDir ./ --outName primates-pg --reference A --vcf --giraffe --gfaffix --wlineSep "."
中国人泛基因组的那篇Nature论文里是先单独跑minigraph，没有用第一步的 cactus-minigraph，测试一下这样是否能行
minigraph -cxggs -t 8 ../01.input/simChimp.chr6 ../01.input/simGorilla.chr6 ../01.input/simHuman.chr6 ../01.input/simOrang.chr6 -o minigraph.gfa
cactus-graphmap ./js02 ../seq.txt minigraph.gfa primates.paf --reference A --outputFasta primates.gfa.fa.gz
cactus-align ./js03 ../seq.txt primates.paf primates.hal --pangenome --outVG --reference A
cactus-graphmap-join ./js04 --vg primates.vg --outDir ./ --outName primates-pg --reference A --vcf --giraffe --gfaffix --wlineSep "."
这个也能行的通，不知道用自己真实数据能否顺利跑通流程
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