HOMER安装
直接使用conda安装就可以
安装好以后scanMotifGenomeWide.pl脚本会在虚拟环境的bin目录下
使用命令是
scanMotifGenomeWide.pl at_Ebox.motif at.col0.chr.fna > at_Ebox.at.output.bed
第一个位置参数是motif文件
motif文件的格式是
序列对应的是出现概率最大的碱基
下面数字每列对应的碱基顺序应该是 ACGT
每行对应的是序列每个位置4个不同的碱基出现的概率
第二个位置参数对应的是基因组序列
最后接输出文件
输出是bed文件
这个运行速度很快
只要是自己感兴趣的序列，整理成这种motif的格式，可以直接利用这个脚本定位在基因组上的位置
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