用R语言包geneviewer可视化基因的共线性关系

geneviewer 帮助文档

https://nvelden.github.io/geneviewer/articles/geneviewer.html

这个是用来画基因簇和转录本结构的，用来展示共线性关系也非常方便

用来做共线性的函数是 GC_links()，帮助文档还挺详细的。按照帮助文档的示例数据准备自己的数据就行。

之前我画这种共线性关系都是用ggplot2和ggforce包里的geom_diagonal_wide()函数，这个函数画共线性需要自己构造数据，相对还是比较麻烦的，比如之前的推文

R语言ggplot2复现一下CELL论文中的基因共线性图

跟着Science学作图：R语言ggplot2作图展示基因组局部区域的共线性

用GC_links()来画还是响度比较简单的

一个简单的例子

data.frame(
  start=c(12,50,30,1,10),
  end=c(20,80,60,5,15),
  cluster=c("A","B","A","D","D"),
  link=c("geneA","geneA",NA,"geneA",NA)
) -> example.dat
  
GC_chart(example.dat,
           start="start",
           end="end",
           cluster = "cluster",
         group="cluster") %>% 
  GC_links("link")

这里怎么改基因的颜色暂时没有想明白，只能用它默认的配色

如果要改link的配色只能一个一个的改

比如

GC_chart(example.dat %>% 
           mutate(link2=c(NA,"geneB","geneB",NA,"geneB")),
           start="start",
           end="end",
           cluster = "cluster",
         group="cluster") %>% 
  GC_links("link",
           linkStyle = list(stroke="green",fill=c("orange")))%>% 
  GC_links("link2",
           linkStyle = list(stroke="red",fill=c("blue")))

其他的细节等到用到的时候再来研究吧。

如果有了基因组gff文件做这个共线性图还挺方便的

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