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eggnong数据库本地版注释步骤

eggnong数据库本地版注释步骤 R语言数据分析指南
2022-05-17
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本节来介绍如何使用「eggnog-mapper」软件来对基因做功能注释,,由于需要注释的基因有10万条,在线版单次只支持5000条序列因此我们使用本地版来进行注释

软件安装

conda install -c bioconda eggnog-mapper

数据库下载

目前版本已经更新到5.0.2下载后解压缩即可

axel -an50 http://eggnog5.embl.de/download/emapperdb-5.0.2/eggnog.db.gz
axel -an50 http://eggnog5.embl.de/download/emapperdb-5.0.2/eggnog_proteins.dmnd.gz

使用方法

python /home/abc/miniconda3/bin/emapper.py -i /home/abc/Desktop/pep.fa
--output /home/abc/Desktop/At -m diamond --cpu 35
--seed_ortholog_evalue 1e-5
--dmnd_db /data/public/database/eggnog/eggnog_proteins.dmnd
--data_dir /data/public/database/eggnog

注意需要写对软件的路径及数据库相对应得路径,本次使用35个线程来进行注释还是相当快的,此外该程序对内存得占用不是很高

今天的介绍到此结束,需要做数据注释的可联系小编,喜欢的小伙伴欢迎分享转发;如果您非常喜欢我的内容,「欢迎添加小编微信加入我的VIP交流群」,群内会同步上传绘图文档代码,期待您的加入

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