R语言优雅的绘制交互式物种组成图

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本节来分享一个案例如何使用「plotly」包来绘制交互式微生物物种组成图，虽然此图在论文中出现不太合适，但是用于组会汇报那是在合适不过了。下面来进行代码介绍过程，数据为随意处理无任何意义仅供参考。「数据+代码已经上传2023VIP群，加群的观众老爷请自行下载」

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加载R包

library(tidyverse)
library(plotly)
library(glue)

导入数据

df2 <- read_tsv("genus_tax.xls")

数据格式转换

genus <- df2 %>% 
  pivot_longer(-genus) %>%   # 对除'genus'列以外的所有列进行展开
  select(2, 1, 3) %>%       # 调整列顺序
  set_colnames(c("sample", "genus", "value"))  # 重命名列

数据清洗

# 按照样品和属的组合对物种进行聚合，计算总和，并按总和进行排序
genus_data <- genus %>% group_by(sample, genus) %>%
  summarize(total = sum(value, na.rm = TRUE)) %>%
  arrange(desc(total)) %>%ungroup()

# 按照样品对总和进行聚合
genus_samples <- genus_data %>% group_by(sample) %>%
  summarize(values = sum(total))

# 按照样品和属对总和进行聚合，并计算唯一的标识符
genus_tax <- genus_data %>% group_by(sample, genus) %>%
  summarize(values = sum(total)) %>%
  mutate(id = paste(sample, genus))

创建向量标签

genus_labels = c(glue('Genus'), genus_samples$sample, genus_tax$genus)
genus_ids = c(glue('Genus'),genus_samples$sample, genus_tax$id)
genus_parents = c("", replicate(length(genus_samples$sample),"Genus"), genus_tax$sample)
genus_values = c(sum(genus_samples$values), genus_samples$values, genus_tax$values)

绘制交互式旭日图

plot_ly(labels = genus_labels,ids = genus_ids,parents = genus_parents,
        values = genus_values,type = 'sunburst',branchvalues = 'total',
        sort = TRUE) %>% 
  layout(font = list(size =10,color = "black"))

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本节介绍到此结束，喜欢的观众老爷欢迎分享转发。有学习需求者欢迎到小编「淘宝店铺 R语言数据分析指南」 购买小编2023年的VIP文档，已有不少朋友学以至用用到了论文当中，「加小编微信请备注信息及来意，无需要请勿扰」

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