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基因家族分析(8) 一行代码完成上万序列亚细胞定位预测

基因家族分析(8) 一行代码完成上万序列亚细胞定位预测 R语言数据分析指南
2023-11-24
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基因家族分析是生物信息学入门学习的基石,由于其对硬件要求不高个人电脑均可进行,不仅投入小、操作简单,而且产出效果显著,因此受到了广大生物信息学初学者的喜爱。「本次在第三版课程的基础上进行了全面的内容优化,并引入了多个Python自动化脚本,来简化分析过程」,本节来介绍如何如何使用「python脚本一次性对3w条序列做亚细胞定位预测」,一次性搞定一整个物种的全部基因的亚细胞定位分析

原理介绍

通过python脚本拆分数万条序列,并行提交在线分析网站进行亚细胞定位预测分析,最终将全部文件下载到本地合并处理。设置并行提交5个文件,在网速稳定的情况下结果产出非常的快

代码过程

# 1. 数据预处理
python3 scl-2.py ./result/protein.fa ./result/scl.fasta
# 2. 序列拆分
python3 split_fasta.py ./result/scl.fasta ./SCL/ pep
# 亚细胞定位预测
python3 SCL-pro.py ./SCL/ ./SCL-2 5

课程介绍

本套课程文档详细讲解了如何使用R语言中的「tidyverse」等一系列强大的包进行数据清洗、统计分析和结果可视化。同时结合一系列生信软件实现无缝链接,我们采用了全新的方式来进行基因家族分析,使得整个过程更加高效和直观。本课程适合有一定R语言基础的学习者,无论是内容的广度还是深度都能满足您的学习需求。通过掌握本课程的内容,您将能够在数小时内完成一篇文章的全部数据处理和结果可视化工作,大大加快了文章发表的速度。

特色内容

本课程内容丰富,目前共包含十四章,涵盖了十余种不同类型的可视化图表,为结果展示提供了丰富的选择。我们从软件安装和数据库下载入手,逐步深入,详细讲解了R语言在数据清洗和可视化方面的强大功能。在1.5版本中,我们引入了大量的Python脚本,将原本繁琐的数据处理过程简化,实现了自动化处理,让您的研究工作变得更加轻松愉快。

实际案例文章

总体内容展示

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