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还在为安装R包困扰吗,看看这个吧

还在为安装R包困扰吗,看看这个吧 R语言数据分析指南
2024-06-18
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本节来介绍一款R包安装包「pak」,详细测试发现体验不错,此包可自动判断包的所在库,安装CRAN版,Bioconductor版统统一个函数搞定,解决了初学者安装R包使用错误代码的问题,同时会一并安装对应依赖而且速度也很快,更多内容请参考官方文档。

官方网站

https://pak.r-lib.org/

举个例子:

如:安装Bioconductor上的DEseq2,但是对于初学者往往只知install.packages(),这样就会存在错误,现在可直接通过pkg_install()全部搞定。

BiocManager::install("DEseq2")
pak::pkg_install("DEseq2")

安装R包

library(tidyverse)

install.packages("pak")
library(pak)
pak::pkg_install("DEseq2")

pak::pkg_install("ggh4x@0.2.4"# 安装指定版本的包
pak::pkg_deps_tree("tibble"# 绘制依赖树
# 从URL安装R包
pak::pkg_install("url::https://cran.rstudio.com/src/contrib/ggh4x_0.2.8.tar.gz")

# 解释包之间依赖关系
pak::pkg_deps_explain("tibble","rlang")

开发版包安装

安装github上的包最主要的问题也许就是找到正确的安装命令,需要知道「作者名/包名」,但是往往初学者无法找到正确的官方网址,那么使用packagefinder包则可以正确找到网址。

install.packages("packagefinder",dependencies = TRUE)

library(packagefinder)

go("ggraph","website"# 打开ggraph网站,速度可能稍慢
pak::pkg_install("teunbrand/ggh4x")  # 安装github包
pak::pkg_deps("teunbrand/ggh4x"# 查看所需的依赖包

使用pak包安装会有数据缓存保留,有需要可以清理节省空间。

# 清理缓存
pak::meta_clean(force = TRUE)
pak::cache_clean()

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本节介绍到此结束,有需要学习R数据可视化的朋友欢迎到淘宝店铺R语言数据分析指南,购买小编的R数据可视化案例文档(2024版),「购买将赠送2023年的绘图文档内容」。目前此文档(2023+2024)「已经更新上传了150+案例文档」,每个案例都附有相应的数据和代码,并配有对应的注释文档,方便大家学习和参考。

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