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[R包介绍] nih.joinpoint包进行GBD数据连接点分析

R语言数据分析指南

2024-07-19

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本节来分享介绍一个可用于GBD数据进行连接点分析的R包nih.joinpoint,该包依赖Joinpoint软件，因此要先安装此软件才能使用，具体信息请参考官方文档。

官方文档

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https://github.com/DanChaltiel/nih.joinpoint

安装R包

devtools::install_github("DanChaltiel/nih.joinpoint")

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只安装R包是无法进行分析的，需要安装Joinpoint软件，由于我们需要使R调用该软件因此需要安装命令行版。

软件申请

https://surveillance.cancer.gov/joinpoint/callable/

除了在此页面填写信息外根据内容介绍还需要签署一份协议需要申请者签名以及所在单位内具有签署协议权力的领导签名。

协议内容

需要将协议转换为pdf格式在申请时上传

library(tidyverse)
library(nih.joinpoint)

nih_sample_data %>% group_by(sex) %>% slice(1, 2, n()-1, n()) #first 2 and last 2 of each group
#> # A tibble: 12 x 4
#> # Groups:   sex [3]
#>    sex     year  rate    se
#>    <fct>  <dbl> <dbl> <dbl>
#>  1 Both    1975  59.5 0.622
#>  2 Both    1976  61.4 0.626
#>  3 Both    2008  44.7 0.395
#>  4 Both    2009  42.6 0.382
#>  5 Male    1975  68.4 1.07 
#>  6 Male    1976  71.7 1.08 
#>  7 Male    2008  51.0 0.639
#>  8 Male    2009  48.2 0.614
#>  9 Female  1975  53.6 0.770
#> 10 Female  1976  54.1 0.767
#> 11 Female  2008  39.5 0.500
#> 12 Female  2009  38.1 0.488

run_opt = run_options(model="ln", max_joinpoints=3, n_cores=3)
export_opt = export_options()

使用run_options()和export_options()设置连接点分析的参数,在此示例中，要求对数线性模型最多可找到3个连接点，使用处理器的3个核心进行并行计算。

分析过程

jp = joinpoint(nih_sample_data, x=year, y=rate, by=sex, se=se,
               run_opts=run_opt, export_opts=export_opt)
names(jp)
#> [1] "aapc"           "apc"            "data_export"    "selected_model"
#> [5] "perm_test"      "report"         "run_summary"

默认参数

jp2 = joinpoint(nih_sample_data, x=year, y=rate, 
                run_opts=run_opt)

绘图

使用包内置函数进行绘图，当然也可根据结果使用ggplot2进行绘图

jp_plot(jp)

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可以看到只要成功安装此软件后分析还是非常简单的

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