事情的起因
Immugent最近在看CD4+ CTL相关的文献时，碰到了一个很有意思的事件，相应的文章于2023年发表在Cell杂志上。没错，就是Cell正刊！文章大致说的是他们发现在老年人的皮肤里存在一群具有杀伤功能的CD4+ T细胞，也就是CD4+ CTL，能够清除皮肤里面的衰老细胞。大家如果想了解更多CD4+ CTL的背景，请移步我们之前发表的推文CD4 CTL:免疫系统中的新秀。相比于已经研究的相当清楚的CD8+ CTL，而CD4+ CTL的有关研究则相对较少，有关其来源和分化都是很值得研究的，因此也逐渐成为免疫学领域的“热点”。
本来，Immugent非常饶有兴致的读着这篇文章，突然发现一个诡异的事情：那就是作者做了单细胞测序，但是却把相关结果都放到了副图。莫不是单细胞测序配不上这种场面？还是说文章内容太多？单细胞测序结果是最不起眼的一个。认真研究过后，Immgent发现以上原因都不是，那肯定是有些猫腻的。。。
下面就跟随Immugent揭开这篇Cell不为人知的一面~~
事情的经过
本来Immugent在去年就已经大致浏览过这篇文章，看了主图之后觉得这篇文章可能就是蹭热点，没有多少内容，也就没细看。然而，就在昨天Immugent在整理CD4+ CTL相关单细胞测序数据时，却意外碰到了这项研究。与其他同类型文章不同的是，作者将所有单细胞相关结果都放在了附图，虽然确实分析的也不咋地。。。
但即使这样，还是有一个不可忽略的问题被Immugent发现了。
首先作者在图B的umap图种没有给出明确的注释，其次在下图中突然冒出来了作者想强调的CD4+ CTL，但是作者并没有给出这些细胞群marker genes表达情况的热图or气泡图。直接就来，好像自己说啥就是啥一样。
如上图所示，作者鉴定出的CD4+ CTL确实不表达CD8A，但是表达很强的杀手性分子-PRF1（穿孔素）。然而，最致命的来了。Immugent自己在重新分析这个数据后，调整到同样的分辨率（17群），并没有找到具有上述特征的细胞群。
一起来认真分析一下上图，不难发现表达PRF1的除了CD8+ T细胞群外，只有一群cluster 10，但是这群是NK细胞，因为不表达CD3分子。也就是说，根本没有表达PRF1的CD4+ T细胞群，那作者定义的CD4+ CTL是哪来的呢？？？
带着以上疑问，让我们来了解一下这篇Cell的通讯作者。可以看出，并不是啥诺贝尔奖获得者，或者几院院士这样的大佬。那么也就是说，这篇文章不像是关系稿了？？
虽然但是，该通讯作者的产出还是蛮高的，前不久就又发了一篇Cancer cell。。。
之前发的也有其它主刊。。。
根据Immugent五年的单细胞分析经验来看，这篇文章的数据肯定是有问题的。莫不是作者把数据上传错了？真的令人匪夷所思。。。
Immugent迫切希望感兴趣的小伙伴也能重新分析一下这个数据，看看究竟是哪里出现了问题。数据已经上传到GEO数据库，索引号为：GSE221232。
说在最后
其实之前就有很多同行说过，在国外发高水平文章要比国内容易很多，其实并不是国内做的研究不够，而是确实很多杂志看待国内科研机构的研究是带有有色眼镜的。就拿最近火出圈的哪吒2来说，就在国外被抵制。。。
平心而论，这篇文章无论是从内容丰富度上还是研究的重要性上都有点够不到Cell杂志的水平，特别是如果数据分析才出现问题。如果这篇文章是从国内的科研机构发出去，可能NC都够费劲。希望未来在国内本土同行的共同努力下，国产的科研成果能够被同等对待，也希望国内早日做出顶级的SCI期刊。
好啦，今日分享的主要内容就到这了，那么大家怎么看这个问题呢？
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【文章信息】
Hasegawa T, Oka T, Son HG, Oliver-García VS, Azin M, Eisenhaure TM, Lieb DJ, Hacohen N, Demehri S. Cytotoxic CD4+ T cells eliminate senescent cells by targeting cytomegalovirus antigen. Cell. 2023 Mar 30;186(7):1417-1431.e20. doi: 10.1016/j.cell.2023.02.033 . PMID: 37001502.
