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❝最近有读者问下方iMeta论文中的一个冲积图的绘制,本节就来通过代码来介绍一下该图的绘制,非常简单。其主要目的是通过html交互式文档来逐行解析绘图代码代码。详细的图形介绍请参考论文介绍
论文
❝Destabilized microbial networks with distinct performances of abundant and rare biospheres in maintaining networks under increasing salinity stress
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/imt2.79
论文原图
绘图代码
library(tidyverse)
library(ggalluvial)
df <- read_csv("ProClass.csv") %>%
pivot_longer(-phylumpro)
ggplot(data = df, aes(x = name, y = value, alluvium = phylumpro)) +
geom_alluvium(aes(fill = phylumpro), alpha = 1) +
scale_fill_manual(values = c(c("#64A4CC", "#9CCEE3",
"#C7E5DB", "#ECF6C8",
"#FEEDAA", "#FDC980", "#F89D59",
"#E75B3A", "#D7191C")))+
labs(x="Salinity",y="Relative abundance") +
scale_x_discrete(expand = c(0,0)) +
scale_y_continuous(expand=c(0,0)) +
theme(axis.text.x= element_blank(),
axis.ticks.x=element_blank(),
panel.background = element_blank(),
plot.background = element_blank())
交互式代码解析
❝对于ggplot系列的绘图代码,可以转换为交互式文档。在实际运行时可以按图层逐一进行展示,做到所见即所得。


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