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❝本节来介绍如何使用ggraph圆形打包图，论文提供了对应的绘图数据，小编根据个人对图形的理解来进行代码编写绘图，与原文有所不同，个人观点仅供参考。有需要学习R语言绘图的朋友可关注文末介绍购买小编的R绘图文档。购买前请咨询，零基础不要买。
论文信息
Microplastic diversity increases the abundance of antibiotic resistance genes in soil
Wang, YF., Liu, YJ., Fu, YM. et al. Microplastic diversity increases the abundance of antibiotic resistance genes in soil. Nat Commun 15, 9788 (2024). https://doi.org/10.1038/s41467-024-54237-7
论文原图
仿图
原始数据
图形解读
该图类似于常见的层次网络图，主要是展示方式不同。绘制该图主要的点在于根据已有数据整理出绘图所需的数据，理清各层级之间的关系。从上方原始数据看只有三列，那么就要构建出根，类似第一层->第二层->第三层这种格式，并且在绘图时也要进行一些数据格式上的转换。相对网上常见的此类图以depth进行颜色填充，该图则以分组进行填充，因此绘制起来还是有一定的难度。
代码展示部分
library(ggraph)
library(igraph)
library(tidyverse)
library(RColorBrewer)
library(magrittr)
library(MetBrewer)
base_cols <- brewer.pal(8,"Set3")
parent_cols <- colorRampPalette(base_cols)(length(parents))ggraph(lc)) +
geom_node_circle(data=lc,aes(color = fill_group),
fill="white") +
geom_node_text(
data=lc %>%filter(shortname %in%
c("aminoglycoside","vancomycin",
"macrolide-lincosamide-streptogramin",
"sulfonamide","chloramphenicol","beta-lactam",
"bacitracin","rifamycin","quinolone",
"novobiocin","tetracycline","multidrug",
"trimethoprim","polymyxin","mupirocin")),
aes(label=shortname),size=4)+
scale_color_manual(values = parent_cols) +
scale_fill_manual(values = parent_cols) +
theme(legend.position = "none",
panel.background = element_blank())
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