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❝本节来介绍一类图如何对气泡热图进行重点标记，该功能主要使用ggforce包来实现。下方所示论文中有具体使用场景，可惜论文未提供数据，因此小编使用R内置数据集来进行展示，个人观点仅供参考无实际意义。有需要学习R语言绘图的朋友可关注文末介绍购买小编的R绘图文档。购买前请咨询，零基础不要买。
论文信息
Temporo-spatial cellular atlas of the regenerating alveolar niche in idiopathic pulmonary fibrosis
结果图
图形解读
该类图主要点在于对需要突出展示的数据进行标记，因此只需要筛选出对应的数据集使用geom_mark_rect()来进行标记即可，也算是一个小技巧。
代码展示
library(tidyverse)
library(ggforce)
mtcars_scaled <- mtcars %>%
scale() %>%
as.data.frame() %>%
slice(1:20) %>%
rownames_to_column("car") %>%
pivot_longer(-car, names_to = "variable",
values_to = "zscore")
ggplot(mtcars_scaled,
aes(x = variable, y = car)) +
geom_point(aes(fill=zscore,size=zscore),pch=21) +
scale_fill_gradient2(low = "#E64B35",
mid = "white", high = "#00A087",midpoint = 0) +
scale_y_discrete(position = "left") +
labs(x=NULL,y=NULL) +
theme_bw() +
theme(axis.text.x=element_text(color="black",angle=90,vjust=0.5),
axis.text.y=element_text(color="black"))
高亮标记
筛选出数据
highlight1 <- mtcars_scaled %>%
filter(car %in% c("Mazda RX4", "Mazda RX4 Wag") &
variable %in% c("hp")) %>%
mutate(group = "1") # 分组编号
highlight2 <- mtcars_scaled %>%
filter(car %in% c("Merc 280") & variable %in% c("cyl")) %>%
mutate(group = "2")
highlight3 <- mtcars_scaled %>%
filter(car %in% c("Merc 450SL") & variable %in% c("disp","drat")) %>%
mutate(group = "3")
highlight4 <- mtcars_scaled %>%
filter(car %in% c("Datsun 710") & variable %in% c(variable)) %>%
mutate(group = "4")
# 将所有数据整合
highlight <- highlight1 %>% bind_rows(highlight2,highlight3,highlight4)
ggplot(mtcars_scaled,
aes(x = variable, y = car)) +
geom_point(aes(fill=zscore,size=zscore),pch=21) +
geom_mark_rect(data = highlight,aes(group = group),
expand = unit(3, "mm"),color = "red",fill = NA,size=1) +
scale_fill_gradient2(low = "#E64B35",
mid = "white", high = "#00A087",midpoint = 0) +
scale_y_discrete(position = "left") +
labs(x=NULL,y=NULL) +
theme_bw() +
theme(axis.text.x=element_text(color="black",angle=90,vjust=0.5),
axis.text.y=element_text(color="black"))
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