Nature Genetics同款嵌套组合图代码

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本节来分享Nature Genetics一篇泛基因组相关的论文。作者提供了对应的数据及分析代码，此次来简单绘制一个图作为引子，与原文有所不同，个人观点仅供参考。有需要学习R语言绘图的朋友可关注文末介绍购买小编的R绘图文档。购买前请咨询，零基础不要买。

论文信息

A pangenome of maize provides genetic insights into drought resistanceYang, S., Wang, Y., Huang, Q. et al. A pangenome of maize provides genetic insights into drought resistance. Nat Genet (2025). https://doi.org/10.1038/s41588-025-02378-w

论文图

代码展示

library(tidyverse)
library(patchwork)
# 条图
df <- read_tsv("data.tsv") 

p1 <- ggplot(data=df,aes(factor(`Present genome number`),`Gene family number`)) +
  geom_col(aes(fill=Group)) +
  scale_fill_manual(values = c(
    Core = "#E41A1C",Softcore = "#FB9A06",
    Dispensable = "#4DBBD5",Singletons = "#984EA3")) +
  scale_x_discrete(breaks=seq(0,56,by=4)) +
  scale_y_continuous(limits = c(0,20000),expand = c(0,0)) +
  labs(x="Present genome number",y="Gene family number") +
  theme_classic() +
  theme(axis.text=element_text(color="black"),
        legend.position = "none")

饼图

df2 <- read_tsv("pie.tsv") %>% 
  mutate(group = sub(" .*", "", Type)) %>% 
  filter(Type!="Singletons")

df2$percentage <- df2$Number / sum(df2$Number) * 100

p2 <- ggplot(data=df2,aes(x="",y=Number,fill=group)) +
  geom_bar(width = 1,stat = "identity") +
  geom_text(aes(label =paste0(round(percentage,1),"%")),
            position = position_stack(vjust = 0.5))+ # 添加标签
  scale_fill_manual(values = c(
    Core = "#E41A1C",Softcore = "#FB9A06",
    Dispensable = "#4DBBD5",Private = "#984EA3")) + coord_polar("y") +
  theme_void()+ 
  theme(legend.title = element_blank())

拼图

inset_element() 通过控制（right - left）和（top - bottom）的差值来控制嵌入图形的大小。

p1 + inset_element(p2,
  left = 0.2, right = 0.9,
  bottom = 0.3, top = 1)

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购买介绍

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