日本的永久居民纳税人对其全球收入征税。非居民纳税人仅对其来源于日本的收入征税。非永久居民纳税人对其收入征税，但未汇入日本的外国来源收入除外。他们可以对在日本支付或汇入日本的部分外国收入征税。
适用于应纳税所得额的个人所得税税率如下：
所得税税率（国家）：
日本实行累进税制，个人的税率随着收入的增加而增加。目前，适用以下税级：
应税收入（日元） |
税率 |
扣除 |
<195万日元 |
5% |
0 |
1.95-330 万日元 |
10% |
97,500 日元 |
3.3-695万日元 |
20% |
427,500日元 |
695-900万日元 |
23% |
636,000日元 |
9-1800万日元 |
33% |
1,536,000 日元 |
18-4000万日元 |
40% |
2,796,000 日元 |
超过 4,000 万日元 |
45% |
4,796,000 日元 |
例如，应纳税所得额为 800 万日元的单个纳税人将属于 23% 的税级，需缴纳 120.4 万日元的税款（800 万日元 x 23% = 184 万日元 – 063.6 万日元 = 120.4 万日元）。
日本地方政府（都道府县和市政府）对纳税人上一年的收入征收地方居民税。这统称为居民税。总计，这相当于纳税人上一年应纳税所得额的 10%（6% 县级和 4% 市级）。这适用于纳税人截至当年 1 月 1 日为日本居民的情况。对于地方居民的税收目的，还评估了人均税的均等化。标准年度金额为 5,000 日元，但根据纳税人居住的都道府县或市町村而异。当地居民税不可扣除。
非居民纳税人从日本获得的补偿（就业收入）应按总补偿的 20.42% 缴纳固定的国民所得税，不得扣除。该税率包括前面提到的附加税的 2.1%（20% x 102.1% = 20.42%）。非居民纳税人如果在当年 1 月 1 日登记为居民，可按 10% 的税率缴纳当地居民税。
收入扣除：居民纳税人从就业中获得收入的人有资格在国民收入和地方居民税中获得收入扣除。扣除金额以就业收入金额为基础，并参照扣除表确定。
个人扣除：利息不可抵税。日本的社会保障缴款可以全额扣除。医疗费用，无论在哪里支付，都可以免税。有一定的限制。
慈善捐助：日本财务省指定的慈善捐赠可以免税，但有一定的限制。符合条件的捐款或捐赠总额超过 2,000 日元可在计算国税时扣除。总扣除额限制为收入的 40% 或 2,000 日元以下。合格贡献的定义是具体且非常严格的。
人寿保险费（或私人养老金）：以当地货币支付给日本机构的保费在计算国家和当地居民税时可在有限范围内扣除。
地震保险费：为地震保险费支付的保险费可在一定程度上扣除国家和地方居民税。
抵押贷款扣除：抵押贷款利息在日本不能免税。但是，当满足某些条件时，住房贷款的税收抵免可能长达十年。税收抵免总额由纳税人开始居住在该物业的年份以及纳税年度末的抵押贷款余额决定。
个人扣除：居民纳税人有权为自己和受抚养的配偶个人免税国民所得税为 380,000 日元，当地居民税为 330,000 日元。
业务扣除：在某些有限的情况下，业务费用可以免税。雇主报销的业务费用（如搬家、旅行和娱乐费用）不构成雇员的应税收入。但是，这些费用必须是雇主的业务所必需的。
源泉扣缴所得税：
缴纳源泉扣缴所得的用人单位，必须在所得款项支付当月的次月十日前，向税务机关缴纳源泉扣缴税款。在居民工资代扣代缴方面，对10人以下的小企业实行特别措施。这使他们可以分六个月分期缴纳预扣所得税。或者，他们可以每年两次（7 月 10 日和 1 月 20 日）加专业费。
预扣所得税年终调整：
年终调整是为了计算雇主所做的所得税。在这一年中，员工税每个月从员工的工资中扣除。这是基于税务局公布的税率。年底，员工的具体纳税义务是根据员工的特殊情况计算的。这可能会因情况而异，例如受抚养人的数量。进行了调整，以使当年预扣的税款总额等于雇员的应纳税额。每年 1 月提交的预扣税报告中都会报告从员工预扣的税款金额。
日本有四种不同的保险制度，公司在法律上有义务参加。所有符合特定标准的工人都在保险范围内。
1.工伤事故赔偿保险：承保工作或上下班途中的任何疾病或伤害。
2.就业保险：提供给失业的工人。这有助于维持稳定的就业，例如提供财政援助和补贴。
3.健康保险和护理保险：涵盖工人发生的医疗和护理费用。
4.员工年金保险：提供老年、死亡或残疾的福利。
拥有的雇主>101名员工需要为兼职员工参加社会保险。
社会保障制度 |
月薪上限（日元） |
雇主缴纳 |
员工缴纳 |
养老保险 |
650,000 |
9.15% |
9.15% |
儿童基金会 |
650,000 |
0.36% |
– |
健康保险 |
1,390,000 |
4.905% |
4.905% |
长期护理保险（40 岁以上） |
1,390,000 |
0.82% |
0.82% |
失业保险 |
– |
0.85% |
0.50% |
劳动者报酬 |
– |
0.3% |
– |
全部的 |
16.240% |
15.280% |
工伤保险和雇佣保险在日本统称为劳动保险。健康、护理和员工养老保险统称为社会保险。
公司在首次设立或雇用员工时，必须通过向有关部门提交劳动和社会保险申报表来进入这些保险系统。公司支付保险费的方式通常是从员工的工资中扣除员工应缴纳的部分保费，并将其与雇主应缴纳的部分保费一起支付给有关当局。
社会保险费从工人的月薪中扣除。养老金和健康保险费按“标准工资”的百分比计算。标准工资首先取前三个月的平均薪酬确定。然后将该平均值应用于概述单个金额的标准工资表。这被称为该征税范围内的任何工资的“标准工资”。标准工资是有上限的。养老金的最高标准工资为 650,000 日元，健康为 1,390,000 日元。失业和工伤事故赔偿保险费按实际赔偿金的百分比计算，而不是按标准工资计算。
奖金支付受上述保险的约束。但是，具体规则取决于付款的频率和规律性。与奖金有关的保费支付也有年度上限。
所有居民都缴纳养老保险。该溢价每年四月修订一次，由物价波动和实际工资指数等因素决定。70 岁以下的受薪工人支付其标准工资的一定百分比。工薪工人的保费为 18.30%，由雇主支付一半，由雇员支付一半。
一旦被保险人年满 65 岁，即可支付养老金福利。他们还必须处于失业状态，并且已经缴纳了至少 10 年的养老金。福利金额将取决于个人的总供款。
在日本生活和工作不到 10 年的非日本工人可以在离开日本时申请一次性偿还其国民年金，并且不再有资格获得日本年金福利。但是，这仅适用于已参加职工养老保险至少六个月的人员。申请必须在离开日本后两年内提交。
雇主与养老金保费一起支付儿童津贴保费（0.36%）。这笔保费为政府计划提供资金，该计划为有孩子的日本居民提供托儿津贴。
健康保险为所有受保居民提供医疗保险。长期护理保险提供老年人护理福利。它还管理被保险人经历分娩、受伤、疾病和死亡的情况下的津贴。日本的国民健康保险为 75 岁以下的无薪居民提供保险。员工健康保险涵盖 75 岁以下的受薪工人及其 75 岁以下的受抚养人。年满 75 岁时，无薪和有薪人士都将成为后期长者医疗保健系统的投保人。
国民健康保险和员工健康保险为 70 岁以下的人和 70 至 74 岁的标准工资 280,000 日元或以上的人提供 70% 的医疗费用。否则，对于 70 岁至 74 岁、标准工资低于 280,000 日元的人，政府承担 80% 的医疗费用，为 75 岁以上的人承担 90% 的医疗费用。如果一个家庭的每月总医疗费用超过一定的门槛，超出的金额将得到报销。最高门槛由被保险人的赔偿和年龄决定。
与养老金一样，员工健康保险费也是按照标准工资计算的。百分比取决于雇主的注册县。例如，东京的税率为 9.84%，一半由雇主支付，一半由雇员支付。40 至 64 岁的人在长期护理保险的健康保费之上，需额外支付 1.8% 的保费。雇主和雇员各付一半。
失业保险为失业、育儿假和家庭护理假提供津贴。
领取失业救济金的时间长短取决于年龄、终止原因和缴纳失业保险费的期限。如果公司解雇了雇员，第一次津贴支付的等待期为四个星期。如果员工自愿离职，则等待期最长为三个月。等待期后每月支付津贴，前提是该人可以证明他们正在积极寻找工作。
代表董事没有资格获得此保险，因为他们没有受雇佣协议的约束。相反，它们包含在服务合同中。在董事会任职的董事也没有资格参加此保险。但是，同时兼任员工的董事，例如具有部门主管等头衔的高级员工，则有资格。
保费率根据雇主的行业类型而有所不同，雇主有责任支付比雇员更大的百分比。例如，如果雇主属于一般行业类型（即雇主不从事农业、林业、渔业、清酒生产或建筑行业），雇主将支付 0.60% 的保费，而雇员将支付 0.30% 的保费。
工伤赔偿保险为工作和通勤相关的伤害、疾病和死亡提供医疗津贴。它还为超过四天的无薪病假提供补偿津贴。
与失业保险相同的例外规则适用于董事，但代表董事和董事可以通过两种方式获得资格。一种方式是申请特殊招生，它有几个要求，如行业类型和从业人员数量。第二种方式是获得失业保险资格作为董事同时兼任员工。代表董事不符合失业保险资格，因此不符合第二种方法的资格。
保费由雇主承担。税率取决于雇主的行业类型，从 0.25% 到 10.3% 不等。常见的行业类型是金融、保险和房地产（0.25%）、仓储和安全（0.7%）以及批发/零售贸易、餐饮和住宿（0.4%）。
雇主为石棉保险额外支付 0.002% 的保费，该保险为石棉相关伤害的医疗救助提供资金。
虽然大多数雇主都注册了公共健康保险，但特定行业存在替代的健康工会。在这种情况下，雇主将选择退出标准健康保险计划。保费通常更便宜，而且福利比标准计划更高。雇主只有在满足某些要求的情况下才能注册。
雇主还可以加入养老基金，该基金为员工在达到退休年龄时提供更高的养老金福利。
401K：大多数雇主只使用政府养老金计划，但一些跨国公司将在日本采用相当于 401K 计划的计划，由第三方管理。雇主将设定门槛和匹配计划并聘请第三方。通常，在日本采用此类计划需要最少的员工人数。
大多数小型跨国公司雇主不提供补充保险，因为标准保险涵盖大多数项目。但是，一些较大的跨国公司确实提供人寿保险/充值保险和旅行保险。董事和高级管理人员责任 (D&O) 保险对于高级管理人员也很常见。
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