借明朝的国威及郑和的名声，再加上长期在当地从事商业活动，拉动了当地的经济发展，某种程度上也让马来土著居民的生活水平得到提高，所以华人族群刚开始是非常受当地人尊崇的。
但到了年轻峇峇一代，他们没有沿袭“商人世家”留下的产业，而是跑去当“白领”，在经商头脑不知不觉退化的情况下，开始走下坡路，后来还因为宗教信仰问题与马来人关系恶化，导致族群慢慢走向衰退。
族群衰退的首要原因离不开文化传统的遗失。峇峇娘惹文化属多元民族文化，是由华夏、欧洲以及当地马来文化融合而成的。
他们为了顺应这个特殊时代的发展，不停的兼容其他的民族文化，导致最后忘了自己的传承，造成文化传统的遗失。
从语言选择上看，他们的用语是峇峇马来语，它是由闽南语及当地马来语融合演变出来的。但峇峇马来语只能作为家庭用语，无法进行正常的社交沟通。
他们的社交语言是英语，所以长期下来华文汉字慢慢被遗忘，而族群语言也因沟通限制失去市场，慢慢走向消逝。
从穿着服饰上看，他们主要以娘惹服饰文化为主。娘惹服是在马来服饰的基础上，将华夏及欧洲服饰的元素融合而成的。
但随着时代的发展，这个作为娘惹文化符号代表的服饰并不被峇峇娘惹的后裔所喜爱。他们没有固守祖辈留下的传统，反而将服饰转变的越来越现代化，最后失去自己独有的文化特色。
从饮食习惯方面看，峇峇娘惹将马来饮食和华夏饮食融合在一起，创造出娘惹菜系。它是中式食物配合马来、印度等香料烹饪而来的，口味甜酸辛辣。
旧时代娘惹的职场舞台就在厨房，大家闺秀出嫁前都会在家里跟着母亲学习烹饪。但随着女性地位的提升以及角色的变化，会做娘惹菜的人越来越少，这道母系氏族代代相传的传统菜系将逐渐走向失传。
从婚配制度方面看，内婚制的瓦解加速了族群的衰退。由于多民族价值观的迥异，峇峇娘惹和当地土著之间的关系日趋紧张。
从大规模迁移到现在，华人在马来西亚的地位一直处于二等公民的位置。有的华人为了争取政府福利，与当地土著通婚后改信伊斯兰教。
始于财富溃于财富，族群的衰退脱离不了“弃商从政”的干系。英国政府殖民地时期，峇峇受英式教育的影响，开始摒弃祖辈留下来的产业，纷纷投身进英国政府统治下的政治舞台。
之后还经历过被日本侵略的战乱时期，整个家族的产业受到重创，经济实力大不如前。再加上他们的思想西化，家族意识淡薄，族群之间还相互争夺财产，使得本来就日渐薄弱的家底被掏空，人财两空的局面给曾经辉煌的产业时代划下句号。
对自己的民族身份产生认同困惑，是加速族群走向衰退的最后一根稻草。在1989年的南洋商报《马六甲历史城系列》中，有一段话是这么形容他们的：
“早期的峇峇人是矛盾的一群，他们脱离华人社会，却又不能真正融入马来社会，成为两头不着岸的人。”
这种尴尬的社会角色让他们既不被流着同样华夏血液的华人认可，也不被当地马来土著居民所接纳。
由于峇峇长期处在上层阶级，当地的土著居民对其不满已久，他们觉得自己的生计都掌握在这群人手里，所以一直把自身置于“被害人”的角色之中，将峇峇视为经济上的剥削者。
▲马六甲荷兰红房基督教教堂，基督教传教士曾经来过马六甲宣传，而马六甲是华人族群最聚集的地方
尤其在信仰主张的问题上，马来人与峇峇无法做到和谐共生。因为最开始峇峇娘惹族群并没有皈依伊斯兰教，而是选择坚持祖辈的道家信仰，虽然马来人不太高兴，但还是对他们的宗教传承表示尊重。
结果到了英国殖民文化盛行时期，受英式教育的影响，峇峇开始认为英国才是自己的宗主国，所以他们在族群特性和民族意识混乱的情况下，选择皈依基督教，这种信仰的转变让马来人难以接受，所以两个民族间的矛盾隔阂越变越大。
到了马来半岛独立时期，马来人又通过推行各种抵制政策，去改变峇峇娘惹族群的生活习惯及政治经济活动。因为深知政权都掌握在马来人手里，他们又将自己的政治效忠对象转为当时的马来半岛政府。
而从小接受华文教育的纯种华人，认为峇峇娘惹数典忘祖，不仅将母体文化发展成了“四不像”，还在国家认同这个严肃问题上摇摆不定，最终迷失自己。
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