如何建立阿米巴组织是阿米巴经营的开始，也是阿米巴经营的完成。
——稻盛和夫
为在全公司实践“追求销售额最大化和经费最小化”原则，京瓷把组织结构进行了细分，并使其独立成为一个核算单位，即“阿米巴”。然后在每个阿米巴安排负责人进行领导，并下放经营权。阿米巴领导在得到上司认可后，负责全面经营，包括制定经营计划、业绩管理、劳务管理、资材订货等。
虽然阿米巴是个小组织，但开展经营必须要进行收支计算，需要掌握最低限度的会计知识。单位时间核算表不仅包括了各阿米巴的收支情况，而且还计算出该差额的附加价值，该附加价值除以总的劳动时间得出每小时的附加价值。阿米巴作为一个核算单位，是一个拥有明确的志向和目标、持续自主成长的独立组织。
阿米巴组织划分的主要目的是：看清企业实际状况；内部传递市场压力，实现内部竞争；达成全员参与的经营；培养经营管理人才。
在传统职能式的企业管理模式下，层级式的企业组织结构一旦确定，就会在长时间内保持不变，组织结构模型稳定且僵化。这种组织结构的缺陷日渐暴露：高层领导们由于陷入了日常生产经营活动，行政机构越来越庞大，各个部门横向联系薄弱，各部门协调越来越难，各个职能的成员注重部门目标而不是企业的整体目标，使工作效率受到影响。
阿米巴组织需要员工打破原有的部门界限，绕过原来的中间管理层次，直接面对顾客和向公司总体目标负责，以群体和协作的优势赢得市场主导地位。从而达到使阿米巴组织变得灵活、敏捷，富有柔性、创造性的目的。而且与通常的行政组织架构相比，阿米巴组织的规模普遍较小，灵活多变，不用担心朝令夕改的命令会伤筋动骨。
企业进行阿米巴划分的前提条件有三点：
第一，要建立企业内部的信任关系。实施阿米巴经营的公司的内部信任关系不仅要体现在企业家和员工之间，而且还要体现在员工与员工之间。这个信任是基础，一旦发现哪些员工数据造假，那么就违背了阿米巴经营哲学，他们将会受到严厉惩罚。
第二，要培养全体员工的经营意识。在京瓷把员工工作称为“员工经营”，企业的各项管理制度是按照经营的理念来进行设计的。
第三，要保证数据的准确性和及时性。京瓷很多当天的经营数据第二天早上就出来，而且这些数据会直接让每个阿米巴在第一时间了解。
