2、填报备案信息，在【企业所得税汇总纳税】页面点击“新增”按钮开始填报，需要填报的内容包括：跨地区转移类型、有效期起、有效期止、下一级机构信息中行政区划、下一级机构信息中主管税务机关信息（根据行政区划自动带出）、总机构独立生产经营部门（若总机构有独立生产经营部门，展开栏目填报）。
分支机构备案前必须由总机构先进行备案，且分支机构备案的有效期在总机构备案有效期的范围内。
2、填写主表（A类）及相关附表，主要包括：
A109000：跨地区经营汇总纳税企业年度分摊企业所得税明细表；
3、生成分配表
填报完成后，系统自动生成《企业所得税汇总纳税分支机构所得税分配表》（A109010），需核对分支机构名单、分配比例及分配税额。
4、提交申报
确认填报的数据无误后提交申报表，完成税款缴纳即可。
（二）分支机构申报流程
2、进入申报界面后，选择“跨地区经营汇总纳税企业的分支机构年度纳税申报”表单进行填写。
注：纳税人需填写或核对第21行“分支机构本期分摊比例”、第22行“分支机构本期分摊应补(退)所得税额”。确认无误后完成申报即可。
汇总纳税就地预缴的分支机构需要由总机构先进行申报，分支机构才能申报。
分支机构的基础信息是生成企业所得税分配表的重要依据。若分支机构地址变更未备案，可能导致税务机关在区域税收统计及征管分工上出现混乱，分配表中的纳税地点信息错误；职能调整若涉及是否具有主体生产经营职能的改变，未更新备案会使分配比例计算基础失准，进而导致分配表数据错误，最终被税务机关认定为不合规申报，会面临补缴税款、滞纳金，甚至罚款等风险。