癌症研究的突破，取决于我们能否看清关键的细节信息。而在此之前，FFPE 样本一直无法适配长读长测序技术。如今，这一局面正在被改写。
在2026年的美国癌症研究协会年会（AACR）上，PacBio 分享了升级后的 Ampli-Fi 实验方案如何实现 FFPE 组织样本的 HiFi 测序，让海量此前因降解严重而无法使用的样本重新得以利用。
从突变相位分析到结构变异检测，这一技术突破能够帮助研究者更深入地探究癌症的发生发展、演化适应以及治疗应答机制，从而提出更精准的科学问题并获得更可靠的研究结论。
为何解锁 FFPE 样本意义重大
尽管存在技术难题，FFPE 样本仍是癌症研究中存量最大、价值最高的资源之一。借助 FFPE 样本，科研人员能够研究真实患者肿瘤组织，且通常伴随完善的临床信息，支持跨度数年乃至数十年的回顾性研究。同时，它也是众多转化医学与临床基因组项目的基础 —— 对存档肿瘤组织进行测序分析，可直接影响治疗方案制定或新型生物标志物发现。正因如此，即便技术挑战重重，FFPE 组织依然是研究者们的首要攻克目标。
鉴于 FFPE 样本中蕴藏的巨大潜力，PacBio 致力于将 HiFi 测序技术应用于这一此前难以触及的样本类型。今年年初推出的Ampli-Fi 实验方案，正式为 FFPE 这类疑难样本打开了 HiFi 测序的大门。Ampli-Fi 作为全新工作流程，可支持超低起始量 DNA的 HiFi 测序，最低仅需 1 ng 基因组 DNA。该方案流程精简，样本建库可在一天内完成，极大提升了 HiFi 测序的易用性，是该领域的重要技术突破。
Ampli-Fi 如何在不牺牲测序质量的前提下实现 FFPE 测序
Ampli-Fi 实现的超低起始量测序，能够成功解析 FFPE 组织中高度片段化的 DNA，并完成 HiFi 测序，同时不牺牲测序读段质量。最终结果会随样本质量有所差异：DNA 完整性指数（DIN）越高，读长越长。但对 EGFR 细胞系、乳腺及肺部 FFPE 样本的初步测序结果已充分验证了这一技术可行性：
在 Revio 测序平台上，采用 SPRQ 试剂与 Ampli-Fi 方案进行 FFPE 样本测序，Q 值表现达到前所未有的高水平。
采用 QIAamp DNA FFPE Tissue 试剂盒并搭配补充方案提取 DNA，未进行机械或酶切片段化处理。使用 Ampli-Fi 方案对 DNA 进行扩增并构建 SMRTbell 文库，在 Revio 测序平台上采用 SPRQ 试剂完成测序
由 FFPE 提取 DNA 构建的文库可产出高质量 HiFi reads，中位测序质量值最高可达 Q60，平均读长在 2–3 kb 区间。尽管该读长不及标准 HiFi reads，但已足以对突变定相和结构变异开展深度解析 —— 而这正是 HiFi 测序具备独特优势的两大应用方向。
存档肿瘤样本现已可实现全基因定相
在 EGFR 突变型 FFPE 样本中，HiFi 测序成功完成了约 200 kb 的EGFR 基因全长定相。该基因内所有变异均可被分配至亲本单倍型，这对鉴定复合杂合突变至关重要 —— 当一个基因的两个等位基因均存在致病性突变时，会导致基因功能异常。这种精准定相能力在癌症研究中尤为关键：判断两个变异处于顺式（同一条染色体）还是反式（同源染色体），对于阐明其在肿瘤进展和耐药性中的功能效应具有决定性意义。
按相位区块着色的 200 kb EGFR 基因定相结果。
在对已知癌症相关基因（≤50 kb）进行定相评估时，采用 Ampli‑Fi 构建的 FFPE 文库，可实现 68% 的基因通过单一相位区块完成定相。作为对比，高质量 DNA 构建的标准文库该比例为 84%—— 考虑到 FFPE DNA 高度片段化的特性，这一降幅十分有限。这些结果表明，即便来自降解样本的 HiFi 读长较短，仍可对大多数癌症相关靶点基因实现全长定相。
FFPE 组织中的结构变异检测
HiFi 测序为 FFPE 样本带来的另一大优势是结构变异检测。在肺癌 FFPE 样本中，研究在抑癌基因 PTPRD 的内含子区域检测到一段 310 bp 的 Alu 插入序列，该基因在多种癌症中均存在突变。研究不仅识别出该插入变异，还在 8 kb 范围内完成了定相分析，充分证明即使是 2–3 kb 的中等长度 HiFi 读长，也能提供关键的结构信息。这类变异在癌症中具有重要生物学意义，可改变基因调控或破坏关键功能域；而从存档样本中检测此类变异，为解析肿瘤演化开辟了全新视角。
从肺癌 FFPE 样本中，在 PTPRD 基因内含子区域识别并定相一段 310 bp 的 Alu 插入序列。
尽管 Ampli‑Fi 方案已突破疑难样本的测序壁垒，但其应用潜力仍有广阔拓展空间。早期测试显示，将 Ampli‑Fi 与 Kinnex 串联技术联用可显著提升测序覆盖度，进一步支持在 FFPE 样本中挖掘低频关键癌症变异。
*PacBio 产品仅供研究使用，不用于临床诊断。
基因有限公司作为PacBio公司中国区合作伙伴，自2011年以来将PacBio第三代单分子实时测序技术引入国内，一直为国内用户提供专业的三代测序系统的安装培训，技术支持，应用培训与售后维护工作，赢得客户的一致好评与信任。基因有限公司将一如既往的支持越来越多的PacBio用户。
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